Общую координацию деятельности межправительственных комиссий осуществляет Министерство иностранных дел Республики Армения.

Предложения по включению представителей органов исполнительной власти РА в состав армянской части межправительственных комиссий Республики Армения представляет Премьер-министру РА Министерство иностранных дел РА.

Премьер-министр РА утверждает персональный состав армянской части межправительственных комиссий Республики Армения, а руководителей комиссий назначает с согласия Президента РА.

Руководители армянской части межправительственных комиссий один раз в год представляют Президенту РА отчет о деятельности комиссии.

Межправительственные комиссии один раз в шесть месяцев представляют в Министерство иностранных дел РА информацию о своей текущей деятельности.

Заседания межправительственных комиссий проводятся, как правило, один или два раза в год.